Es un proyecto de código libre, así que se pueden reportar esos problemas o realizar sugerencias como la que comentas directamente en su página de GitHub creando un issue. 

https://github.com/EdwardBetts/osm-wikidata/issues

En el README.md explican que “Existing Wikipedia tags are ignored. If an OSM entity already has a Wikidata tag it will be left alone”. O sea, que según entiendo debería evitar generar esas discordancias que comentas, pero parece que en algunos casos no lo está haciendo bien según me dices. Yo añadiría un issue con algún enlace a un ejemplo concreto con el problema que comentas, y solicitar una "Feature request" con el comportamiento que sugieres.
