Buenas, me he fijado que estás uniendo en un solo elemento entidades de población con nombres muy parecidos, como Lloma Llarga I y II, Urbanización izquierda y derecha...
Cuando los elementos tienen una referencia del ine (ref:ine) son entidades diferenciadas (ESP, entidades singulares de población) por los ayuntamientos, los cuales a su vez informan al instituto estadístico regional (de haberlo), y acaba llegando al INE.

Por favor, no los unas cuando tengan códigos diferentes. Mientras que el INE no considere que son la misma entidad, y les asigne otro código... pueden pasar años.

En este mapa, ves las que todavía faltan de incorporar al mapa: https://osm-es.github.io/validador-ine/, y es fácil descubrir cuándo una se ha borrado, ya que vuelve a aparecer.

Un saludo