Добрый день! Я очень рад вашему виденью и решению данной проблемы, но лучше создавать новый мультиполигон и добавлять уже туда границы без удаления значений на границах меньших населённых пунктах, т.к. меньший НП не является территорией большего ПН, а является его составной частью. Являться и входить, быть частью - это разные понятия. Правда на земле, а не в бумагах.