> Например на Богатырстком проспекте, уникально, но почти каждый пеший переход обозначен одно-направленными светофорами, я это обнаружил и внёс светофоры именно так, как считает "подробно".

Давайте разберём и этот пример.
Хочу уточнить, чем кардинально отличается: https://yandex.ru/maps/2/saint-petersburg/?l=sat%2Cskl%2Cstv%2Csta&ll=30.260933%2C60.000476&mode=search&panorama%5Bdirection%5D=99.268686%2C-0.792000&panorama%5Bfull%5D=true&panorama%5Bpoint%5D=30.260601%2C60.000422&panorama%5Bspan%5D=110.282863%2C60.000000&sll=30.260846%2C60.000394&text=60.000394%2C30.260846&z=20 (Богатырский проспект) и https://yandex.ru/maps/2/saint-petersburg/?l=stv%2Csta&ll=30.338602%2C59.933831&panorama%5Bdirection%5D=108.643367%2C3.531382&panorama%5Bfull%5D=true&panorama%5Bpoint%5D=30.337230%2C59.933943&panorama%5Bspan%5D=79.133619%2C36.762354&z=19.19 (Невский проспект, где Вы зачем-то, удалили highway=crossing и заменили его на highway=traffic_signals).

Отмечу:
1. Светофоры не находятся на оси пешеходного перехода
2. Светофоры не находятся на оси дорожного полотна
3. Имеются стоп-линии для каждого участка
4. *За* светофором располагаются пешеходные переходы.

Соответственно, если Вы хотите мапить непосредственно физические объекты, то это необходимо делать за пределами дорожного графа. Отдельными стобами или, как подсказал Dinamik, man_made=traffic_signals: https://taginfo.openstreetmap.org/tags/man_made=traffic_signals (описание тега можно найти в note  к уже поставленным объектам). Было бы неплохо, если бы Вы составили страницу в вики.

В нынешней ситуации, highway=traffic_signals воспринимается известным мне большинством именно как маркер регулируемости проезда, т.е. если это простой перекрёсток, то удобнее поставить этот тег точкой в центре пересечения, если сложный, то на входах на регулируемые участки, будь то пешеходные переходы (можно добавить уточняющий тег traffic_signals=pedestrian_crossing, который Вы усердно удаляете), или регулируемые перекрёстки.