Die Idee ist, dass Relationen in OSM sich nicht nur um Datengruppen handeln sondern eine Listen von Daten sind d.h. es gibt innerhalb der Relationen eine Reihenfolge von Elementen.
Karten wie die ÖPNVKarte nutzen hierbei die Reihenfolge der Elemente in den Listen, um den exakten Fahrtverlauf (z.B. Richtungspfeile) zu berechnen, welche ansonsten falsch dargestellt werden.

Allerdings muss man auch sagen, dass iD wirklich nicht für Routen gedacht ist. Als ich beim letzten mal eine Route in iD hinzugefügt habe (Bus 69 in Mainz über Nackenheim), so habe ich zwar einerseits die Reihenfolge für die Gegenrichtung sowie einigen Straßen nicht beachtet, vielmehr aber ist es viel schwieriger, diese Liste dann dort zu korrigieren, da man die Elemente einzeln manuell verschieben muss und nicht immer ist die gewünschte Relation sichtbar.
Ich empfehle dir Routen mit JOSM zu bearbeiten, da dessen Relationseditor viel mächtiger ist (z.B. großflächiges Verschieben der Mitglieder, Verdrehen der Relationsmitglieder) und sogar anzeigt, ob der Verlauf tatsächlich durchgehend ist oder nicht.