Pues debe haber sido eso, que el formato del archivo se cambiara, pero siempre lo suelo tener en UTF-8, vaya tela.
Espero que no haya sido en muchos sitios y a ver si puedo localizar los problemas, pero va a joder si tengo que revertir, que son muchas horas de revisión de horarios... :(
Haré pruebas ya para la próxima vez con algo más pequeño y verifico que no siga este problema. Hasta ahora no lo había detectado.
Gracias por avisar y si ves algún caso más me comentas.