Je dirais ne rien faire en masse et laisser en l'état avec un mélange de points et de surfaces suivant les cas. Ces deux façons différentes de faire coexistent car elles correspondent à deux réalités différentes suivant les endroits.

Et ne modifier au cas par cas que si vous être savez que ce qui est là est faux.
Par exemple si un garage est sur le bâtiment alors que ce n'est pas son unique usage. Dans ce cas un nœud peut-être créé et les attributs du garage copiés dessus, en ne laissant sur le polygone que les attributs concernant le bâtiment.
Ou si à l'inverse le bâtiment n'est utilisé que par le garage, dans ce cas le nœud peut-être supprimé et tous les attributs copiés sur le bâtiment.