Не корректный пример с забегаловкой. Слово "институт" является частью выражающей сущность объекта, а не просто его имя собственное. Название "Институт геологии и разработки горючих ископаемых" ясно даёт понять, что это не офис, не забегаловка, а институт. В названии же ресторанов, сущностная часть не используется, и мы пишем только имя собственное, по этому ваш пример не корректен.

НИИ по определению, это не офис, и не "всё что угодно", это НИИ.  НИИ это организация, занимающаяся научными исследованиями, а не комната со столами и креслами.  Если на территории НИИ есть офис, если вы его видели своими глазами, знаете его название, и знаете где он находится, отметьте его. Указание офиса внутри НИИ, это только уточнение его внутренней структуры, которое не влияет на сущность. 
Но отмечать институты как офисы, это все равно что обозначить дом, подъездом, шоссе светофором, или университет факультетом. Так не должно быть, часть не определяет сущности целого.

Таким образом, в этой правке мной были исправлены ошибочные, не обоснованные обозначения на более подходящие. 