Добрый день.  
  
    > Возможно, правильнее убрать тэг place, оставив его на точке?  
  
Так не принято. У населённых пунктов должна быть граница с тегом place. Ещё есть конвертеры, которые ищут границу с тегом place, чтобы взять с неё адресные теги addr:* и теги языков name:xx.  
  
    > Либо разделить эти два полигона с разными границами и тэгами?  
  
Специально делить ничего надо. Просто пусть будет граница с тегом place и границы жилых территорий с тегами landuse (в которые не входят дороги и другие нежилые территории). Так по вики рекомендуется.