1. Вы не выровнили спутниковый снимок по gps трекам, поэтому все перемещённые вами точки оказались не на реальных местах. В т.ч. точки зданий и дорог. 2. изменённая геометрия зданий оказалась нереальных размеров и с непрямыми углами (углы у этих зданий прямые, у вас были нет). Объект типа здание первоначально рисуется (или редактируется) по крыше и потом сдвигается под фундамент. 3. "Усадьбу" рекомендую отметить одной отдельной точкой в границах основного здания. 