>Beispiel: route_ref ist auf der 'wie mappe ich eine Buslinie' gar nicht erwähnt.

Ja, das kann sen. Es wurde eingeführt für Haltestellen, die (noch) nicht in route relationen drin sind (weil der/die Mapper:in sich das nicht traut) um anzuzeigen, zu welchen Linien die Haltestelle gehört.
Wenn alle Linien die hier halten als Relationen vorliegen und die Haltestelle als member drin haben ist "route_ref" eigentlich redundant.
Wenn "route_ref" aber gesetzt ist, müssen auch alle Liniennummer drin sein, auch die, die als Relation vorliegen: PTNA prüft das. Was man nicht prüfen kann ist: sind in "route_ref" (noch) Liniennummer drin, die hier nicht (mehr) halten.