Hallo Spi Ro
Die Schiffahrtslinien habe ich als Routen wie bei den Buslinien eingegeben. Der Unterschied ist nur der, dass bei den Busen 
route=trolleybus z.B. getagt ist, bei den
Schiffsrouten
route=ferry

Ich habe mir mal magic earth angeschaut und konnte das Problem reproduzieren. Mich hat er über die Autofähre Kehrstiten Weggis geschickt. 
Das Problem kommt wahrscheinlich nicht von den Routen. Es kommt von den Ways (OSM Wiki Begriff). Das sind die Linien die 2 Anlegestellen verbinden. Die sind getaggt als:
route=ferry 
(sorry heisst route ist aber keine).
Teilweise ist da foot=yes und bicycle=yes getaggt. Bei der Autofähre sicher. Bei den ways habe ich nichts verändert. Wenn einer gefehlt hat habe ich ihn eingesetzt aber ganz sicher nicht mit bicycle=yes. 
Ps. Ich hätte solche tags bei den ways gelöscht, aber bin da bei der Community sofort angeeggt. Solche tags gehören nicht auf ways, da ways von verschiedenen Schiffslinien benutzt werden können. Die einen nehmen Velos mit, die anderen nicht. 
Ich kann da also nicht einfach was ändern. Das Tagging ist meine Meinung nach OK. 
Aber machen muss man was. 
Magic word kann sowohl die Relation, als auch den Way klar von Strassen unterscheiden. 
Beide haben das Tag route=ferry.

Vorschlag: Ich verusche mal rauszufinden, wann Magic world sich so verhält. So gefühlsmässig geschieht das nicht nur bei Fussgänger und Velofahrer sondern auch bei Autos. Dann mal rausfinden ob das Problem bei der Route oder beim Way ist. Die Tags 
foot=yes and bicycle=yes and motor_vehicle=yes sind bei den Autofähren immer gesetzt.
Dann mit den Erklenntnissen mal weiterschauen und auf den App Hersteller losgehen. Wobei das erfahrungsgemäss schwierig wird.
Ich mach das schon.

LG Thomas