Здравствуйте. 
Не стоило такой огромной территории добавлять покрытие natural=bare_rock, поскольку это не отражает того, что находится на местности, и создаёт наложение на уже существующие покрытия на этой территории. 
Значение natural=bare_rock будет удалено с полигона 
https://www.openstreetmap.org/relation/15663920