Вот некоторые линии которые изменение которых ухудшило геометрию
https://imgur.com/Mgphigk.png

Кроме того вы зачем то пририсовали palce = square в южной части Сокольнической площади, рядом с Русаковской улицей, прямо поверх уже существующего полигона площади. А еще добавили точки barrier = turnstile не соединённые с линиями highway, при том что турникеты в этом месте уже  были нарисованы ранее.

https://imgur.com/Df3aCnD.png
На этом скриншоте видны искажения геометрии части станции метро, в районе перехода с радиальной на кольцевую. Отрисованные ранее ортогонально линии утратили ортогональность, возникли невесть откуда взявшиеся искажения углов и прямых линий.

Непонятно зачем вы всё это сделали. Просто пришли, и смяли геометрию что бы карта "читалась лучше"? 