Здравствуйте. Похоже, вы удалили не дубликат остановки, а точку места остановки автобуса. Просто она была не совсем правильно обозначена.  
Остановки обозначают возле дороги, а места остановки транспорта обозначают прямо на линии дороги.  
  
https://wiki.openstreetmap.org/wiki/RU:Tag:public_transport%3Dstop_position  
  
https://wiki.openstreetmap.org/wiki/RU:Tag:highway%3Dbus_stop