Нельзя просто так взять и не сломать маршруты используя iD. Он не сортирует участников отношения как того требует схема PTv2. Да и разрывы в маршруте не отлавливает. Пример: https://www.openstreetmap.org/relation/3215589#map=16/59.7494/30.5668
Для таких сложных правок лучше использовать JOSM с плагином pt_assistant.