Po coś jednak istnieje tag segregated=yes, hm? Dla routingu łatwiej jest mieć jedną kreskę. Rysowanie przejścia dla pieszych i rowerów jedną kreską, a co za tym idzie dodawanie jednego węzła highway=crossing jest zgodne z zasadą jeden obiekt, jeden element OSM.
Nie wiem o jakim usuwaniu danych mówisz, ani psuciu pracy. Poczytaj sobie za to https://wiki.openstreetmap.org/wiki/Pl:Celowo_b%C5%82%C4%99dne_tagowanie_pod_renderer