Вы неверно отрисовали полигон здания. Вы обвели крышу, но так как это многоэтажка, первый этаж на снимке у нее в другом месте - это стоит учитывать при редактировании. Более того, контур здания уже был нарисован до вас, как раз на месте первого этажа. И, пожалуйста, не ставьте layer=1 при пересечении объектов - это не решает проблему, а создает новую