Pour les arrêts de tram doublés d'arrêts de bus, il y a eu un jeu de données avec les lignes de bus de substitution qui avaient à tort ces arrêts. On me l'a signalé récemment mais je n'ai pas eu le temps de vérifié que les points en question n'avaient pas été utilisés.

Pour les doublons type "Anjou", je viens de regarder, l'arrêt historique n'avait pas l'ensemble des tags d'une "platform" (public_transport=platform highway=bus_stop). Et c'est moi qui a effectivement mal taggué lorsque j'ai migré vers PTv2.
Je vais rechercher les cas comme Anjou et les traiter sous JOSM