Waar je bent gebleven heb je een een vlak natural=water en een waterway= stream
Dat maakt het lastiger.
Je kunt uiteraard de nodes van de natural=water aanpassen en de waterway loopt daar netjes tussen in.

Waar nog geen vlak is wordt het lastiger. Dan zul je het water netjes 'moeten'uitsnijden anders zie je zwemmende bomen in het vlak van de beek.
Mety josm gaat dat het simpelst.
Er is een plugin die draait in josm: Polygon cutout meen ik. Dan snijdt je automatisch het watervlak uit.

https://wiki.openstreetmap.org/wiki/PolygonCutOut

Dat gaat alleen met josm.
Editor iD is niet erg geschikt voor dit soort werk.

Succes,
eggie
