Здравствуйте.
Вы уточняете границы населённых пунктов, при этом удаляя существующую границу (Гусев - https://www.openstreetmap.org/relation/1356883, ) и рисуя новую (Гусев - https://www.openstreetmap.org/relation/19338643). Можно же было переиспользовать линии из отношения (relation/1356883) и история объекта сохранилась бы.

Такая же ситуация с домами в этой правке. Приведу несколько примеров: удалили здания (https://www.openstreetmap.org/way/152004586, https://www.openstreetmap.org/way/152004540, https://www.openstreetmap.org/way/238345896), чтобы нарисовать аналогичные (https://www.openstreetmap.org/way/1413549151, https://www.openstreetmap.org/way/1413549150, https://www.openstreetmap.org/way/1413549145) с помощью плагина. Если здание уже стоит, добавьте для него информацию, а не сносите и рисуйте с нуля.