Hab zumindest die shared nodes jetzt erstmal behoben.
In JOSM geht dafür folgender Suchbegriff wunderbar:
type:node child (id:1453469363) ways:2-
wobei die Id dem Way entspricht den man "aufräumen" möchte.

Mit den geteilten Relationen muss ich noch mal ausprobieren.

Vielen Dank auf jeden Fall für den ganzen Input!