Para entradas con tanto wikipedia=* como wikidata=*, estos enlaces deberían ser equivalentes, excepto si Wikidata tiene una entrada más precisa que distingue el objeto mapeado mejor que el artículo de Wikipedia. En ese caso la relación entre ambas (la entrada de Wikidata y su entrada padre conectada con el artículo de Wikipedia) debería ser descrita a través de la propiedad "capital de" o "forma parte de". https://wiki.openstreetmap.org/wiki/ES:Key:wikidata
En el caso de Medina de Pomar existe https://wikidata.org/wiki/Q24010463, que solo hace referencia a la capital sin el municipio, https://wikidata.org/wiki/Q1614754, que a su vez está compuesto por otras localidades aparte de la capital.