Es correcto la mayoría de la MEX 1 forma parte de los Ejes de transporte, pero incluso en el documento que cita indica que TIJUANA– SAN MIGUEL (DIRECTO) (MEX 1D) es la vía que pertenece, la que le es paralela (MEX 1) no.
Y en la ciudad de Ensenada se clasifica como Primaria porque según los lineamientos ya que está dentro de una urbanización y además está semaforizada la vía no puede ser Principal.
Si quiere consultar de forma más visual puede ingresar a http://datosviales2020.routedev.mx/main
En mapas temáticos seleccione la opción Ejes de Transporte y podrá ver aquellas vías que están categorizadas como tal que me parece es la misma información que se lee en el documento que citó.