Tipp fürs nächste mal: Wenn du die Eigenschaften eines Elements entfernst, werden die Relationsmitgliedschaften nicht mitverschoben, sondern es entsteht ein neues Element.
Viel zu häufig musste ich die Buslinien wegen deiner Änderungen korrigieren, weil die Haltepositionen (public_transport=stop_position) auf den alten Knoten lagen und diese dadurch dann kaputt gingen.

Ich empfehle dir in dem Fall JOSM zu verwenden, weil dieses kann Knoten von Wegen entfernen und dadurch die Mitgliedschaften (und Historie) beibehalten.