Je viens de me rendre compte que j'étais passé à côté de la phrase "Les zones building:part=* doivent recouvrir la totalité du contour du bâtiment" sur la page https://wiki.openstreetmap.org/wiki/FR:B%C3%A2timents_3D_simples
Ma façon de modéliser les bâtiments en 3D était donc incorrecte, désolé de t'avoir induit en erreur. Et merci de m'avoir amené à me questionner là-dessus.

Il faut donc bien 3 éléments : le contour du bâtiment avec building=apartment (le polygone 63260044 peut-être réutilisé pour ça. La partie intérieure de deux niveaux (le polygone 63281574 a l'air déjà très bien, pas besoin d'y toucher). Et une relation pour la partie la plus haute du bâtiment (la relation 1000779 peut-être restaurée et réutilisée pour ça, il y aura juste à changer les attributs). Il est marqué sur le wiki que des relations ne devraient pas avoir l'attribut "building:part" mais ça a l'air de marcher, exemple le stade de France.
Et enfin le polygone 1298790461 ne sert à rien et peut-être supprimé.