Может вы и не мапите организации, но у нас есть утверждённые тэги для Научно Исследовательских институтов. 
По поводу них в вики сказано, что: 
"Научно-исследовательский институт (исследовательское учреждение, исследовательская ферма, исследовательский центр) — учреждение, предназначенное для проведения исследований, то есть "систематического изучения материалов и источников с целью установления фактов и достижения новых выводов""
Выводы:
- Учреждение это организация.
- Кроме того, используется слово "предназначенное". Мы не знаем проводятся ли там исследования в данный момент времени. По определению, достаточно предназначения.

Вы пишете:
" Если организация с названием "НИИ чего-то" существует только на бумаге или в виде сайта и с работниками, работающими на дому, то мы ее не мапим."

-Согласен, но это не тот случай. Я ничего не мапил в этой правке, а исправил ошибку тэгирования. 
Поскольку НИИ, это в общем случае это приватные организации, то мы не знаем где там офисы, где туалеты, и столовые. Офиса и столовой там может вовсе не быть. Мы в общем случае не детализируем приватные объекты, поскольку эти данные затруднительно проверить. Моя же правка основана на тех данных, которые у нас уже есть, но внесены они с не правильными тэгами.

"НИИ имени Склифосовского,"
Да, в склифе лечат людей, это мне известно, и наверно это главная его функция. Его нет в моем пакете правок.

Все исправленные объекты имели тэг office=research. При этом, это не массовая авто замена, поскольку мной была затронута лишь часть этих объектов, в сущностных частях названий которых, были признаки НИИ. Ну и глазами просмотрел, оценив что есть что.
После этой правки, в городе осталось большое число объектов office=research

