Не мог бы ты пояснить, как ты проверяешь объекты перед удалением? Ты смотришь на местности или в свежем торговом реестре?
Можно ли тебя попросить не удалять точки  c ref:BY:trade_register, а отмечать их как disused? Дело в том что торговый реестр для валидатора обновляется не ежедневно и там еще эти магазины есть (https://pewu.github.io/osm-history/#/way/99305267) и когда ты удаляешь точку она светится в валидаторе как не найденная.