Blijkbaar wijzigt JOSM de id's als je een object van de ene laag naar de andere kopieert (ik had onze beide versies als verschillende lagen geopend). Het is me gelukt een deel van de ways/nodes handmatig terug te zetten op de oude id's.

Dergelijke "hoekje-afsnijwegen" bij gelijkvloerse kruispunten zijn een veelvoorkomende toepassing van highway=*_link en dit is ook specifiek omschreven op de wiki: https://wiki.openstreetmap.org/wiki/Highway_link