Если конструктивно это одно здание, то и объект building=* должен быть один. Если трудно определить его назначение, то ставьте building=yes, если же можно выделить основное назначение, то его и прописываете. На весь дом вешаете адресные и другие теги, одинаковые для всех частей.

Внутри этого контура нужно создать два вложенных контура с тегами building:part=commercial и apartments соответственно, каждая со своей этажностью и, возможно, другими отличающимися свойствами.